V primeru nastanka okoljske škode mora njen povzročitelj Agencijo RS za okolje nemudoma obvestiti o vseh pomembnih dejstvih, izvesti vse potrebne ukrepe za njeno omejitev in agenciji poslati informacije o nastali okoljski škodi. Hkrati mora agenciji v odobritev poslati tudi svoj predlog sanacijskih ukrepov (110.e člen Zakona o varstvu okolja, ZVO-1). V nasprotnem primeru izgubi možnost predlagati način izvedbe sanacije, ki bi bil zanj najbolj ugoden. Če povzročitelj ne obvesti agencije o nastanku okoljske škode in ne izvede vseh potrebnih ukrepov za njeno omejitev, se takšna opustitev obravnava kot prekršek, za katerega je predpisana globa od 40.000 do 75.000 eurov (14. točka 162. člena ZVO-1).

Sistem okoljske odgovornosti torej od povzročitelja okoljske škode zahteva, da neudoma izvede vse izvedljive ukrepe, s katerimi je mogoče takoj nadzirati, obvladati, odstraniti ali kako drugače ravnati z onesnaževali oziroma drugimi dejavniki škode, da se omeji ali prepreči nadaljnjo okoljsko škodo in škodljive vplive na zdravje ljudi ali nadaljnje zmanjševanje koristne vloge, ki jo ima poškodovani del okolja za drug del okolja ali za človeka.

Če je Agencija RS za okolje obveščena ali sama izve za nastanek okoljske škode, lahko od njenega povzročitelja zahteva dodatne informacije o nastali škodi ali z odločbo takoj odredi izvedbo sanacijskih ukrepov, vključno s podrobnejšimi navodili za njihovo izvedbo. Agencija lahko torej sproži postopek tudi po uradni dolžnosti, in sicer na lastno iniciativo ali na pobudo tretjih. Informacije lahko zahteva od povzročitelja, lahko pa jih pridobi tudi na druge načine (ogled, zaslišanje priče, izvedensko mnenje itd.).

Agencija najprej preuči vrsto, obseg in pomen okoljske škode za prizadeti posebni del okolja in možnost njegove naravne obnovitve, nato pa povzročitelju z odločbo odredi izvedbo najustreznejših sanacijskih ukrepov. Odločitev o ustreznih sanacijskih ukrepih sprejme ob upoštevanju vseh okoliščin konkretnega primera in Uredbe o vrstah ukrepov za sanacijo okoljske škode, ki poleg vrst določa tudi način izbire najustreznejših sanacijskih ukrepov.

V sklop ukrepov, ki jih mora povzročitelj okoljske škode izvesti, spadajo primarni sanacijski ukrepi, s katerimi se obnovi poškodovane posebne dele okolja oziroma njihove zmanjšane funkcije v referenčno (prvotno) stanje ali se temu približa, in dopolnilni sanacijski ukrepi, ki jih je potrebno izvesti, če z ukrepi primarne sanacije ni mogoče v celoti obnovititi poškodovanih posebnih delov okolja oziroma njihovih zmanjšanih funkcij. Povzročitelj pa mora poleg primarnih in dopolnilnih sanacijskih ukrepov izvesti tudi kompenzacijske sanacijske ukrepe, s katerimi se nadomesti začasne izgube posebnih delov okolja oziroma njihovih funkcij.

Skladno z načelom »onesnaževalec plača« mora povzročitelj okoljske škode okolje povrniti v prvotno stanje in nadomestiti začasne izgube naravnih virov. Začasne izgube namreč nastajajo od datuma nastale škode do takrat, ko se v okolju vzpostavi prvotno stanje. V tem vmesnem času okolje trpi dodatne izgube, saj na primer še vedno nima enakega števila vrst, osebkov, kakovosti habitata, vode itd. in ne more opravljati vseh svojih ekoloških vlog. Kot sanacija tako ne zadostuje le povrnitev okolja v prvotno stanje. Poleg tega mora onesnaževalec izvesti tudi kompenzacijske ukrepe, s katerimi izvede dodatne izboljšave v okolju (na istem območju ali na nadomestnem območju) in z njimi kompenzira izgube, ki jih je okolje utrpelo v vmesnem času.