Vrste sanacijskih ukrepov in način izbire najustreznejših ukrepov za sanacijo okoljske škode, povzročene vodam, zavarovanim vrstam, njihovim habitatom in habitatnim tipom določa Uredba o vrstah ukrepov za sanacijo okoljske škode. Povzročitelj okoljske škode in Agencija RS za okolje morata pri izbiri sanacijskih ukrepov upoštevati, da je primarni namen izvajanja ukrepov obnovitev poškodovanih posebnih delov okolja oziroma njihovih zmanjšanih funkcij v referenčno (prvotno) stanje, ali se, če to ni mogoče, temu čim bolj približati. Na primer, če je bilo poškodovano mokrišče, potem je s sanacijskimi ukrepi treba obnoviti celoten habitat, skupaj z vsemi živalskimi in rastlinskimi vrstami, njihovim obsegom in velikostjo populacije posameznih vrst. Prav tako je treba povrniti funkcije mokrišča, torej koristno vlogo, ki jo je imelo za drug naravni vir ali za javnost (na primer rekreacija, filtracija vode, zagotavljanje hrane, domovanje živalskih in rastlinskih vrst ipd.).

Skladno z načelom »onesnaževalec plača« mora povzročitelj okoljske škode okolje povrniti v prvotno stanje, poleg tega pa mora nadomestiti tudi začasne izgube naravnih virov. To pomeni, da mora poškodovano okolje povrniti v stanje, v katerem je bilo v času poškodovanja, ki bi obstajalo naprej, če ne bi prišlo do okoljske škode. Kot sanacija pa ne zadostuje le povrnitev okolja v prvotno stanje, saj mora onesnaževalec izvesti tudi kompenzacijske ukrepe, s katerimi izvede dodatne izboljšave v okolju (na istem območju ali na nadomestnem območju) in z njimi kompenzira izgube, ki jih je okolje utrpelo v vmesnem času. Začasne izgube namreč nastajajo od datuma nastale škode do takrat, ko se v okolju vzpostavi prvotno stanje. V tem vmesnem času okolje trpi dodatne izgube, saj na primer še vedno nima enakega števila vrst, osebkov, kakovosti habitata, vode itd. in ne more opravljati vseh svojih ekoloških vlog.

Izvedbo potrebnih ukrepov primarne sanacije, ki jih dopolnjujejo ukrepi dopolnilne in kompenzacijske sanacije, onesnaževalcu odredi Agencija RS za okolje z odločbo. Pri izbiri ukrepov mora paziti, da se poleg obnovitve poškodovanih posebnih delov okolja oziroma njegovih funkcij v referenčno stanje po izvedbi sanacijskih ukrepov odstrani tudi vsaka znatna nevarnost za prizadetost zdravja ljudi.

Primarna sanacija
Ukrepi primarne sanacije se odredijo in izvajajo zaradi obnovitve posebnega dela okolja oziroma njegovih funkcij v referenčno stanje. Primarna sanacija je torej vsak sanacijski ukrep, ki obnovi poškodovane posebne dele okolja oziroma njihove zmanjšane funkcije v referenčno stanje ali se temu približa.

Ukrepi primarne sanacije lahko obsegajo različne dejavnosti, kot na primer:

• odstranitev dejavnikov (npr. kemikalij ali fizičnih ovir), zaradi katerih se je poslabšalo stanje posebnega dela okolja oziroma njegovih funkcij;
• aktivno poseganje na območju okoljske škode z namenom, da se pospeši naravna obnovitev;
• obdelava onesnaževal na območju okoljske škode, da se zmanjša njihov vpliv na posebni del okolja;
• zaščita območja okoljske škode pred drugimi dejavniki, ki škodljivo vplivajo na posebni del okolja oziroma njegove funkcije (npr. druge ovire, tuje vrste oziroma z razvojem povezani škodljivi dejavniki na območju okoljske škode);
• obnovitev ali ponovna naselitev poškodovanih zavarovanih vrst;
• sejanje, sajenje ali ponovna posaditev vegetacije;
• inženirska dela za zagotovitev novih ali obnovitve obstoječih habitatov;
• odstranitev ozkih grl in ovir za migracijo živalskih vrst;
• zagotovitev osebja, ki upravlja in vzdržuje območje izvajanja sanacije zaradi okoljske škode;
• razvoj in izvajanje strateških upravljalskih načrtov;
• uveljavitev prepovedi dostopa;
• zagotavljanje izboljšanega dostopa zaradi omogočanja uporabe funkcij posebnih delov okolja;
• zagotavljanje nadzornih služb in služb za izvajanje monitoringa stanja na območju sanacije okoljske škode;
• druge dejavnosti.

Dopolnilna sanacija
Skladno z Uredbo o vrstah ukrepov za sanacijo okoljske škode se ukrepi dopolnilne sanacije  odredijo in izvajajo hkrati z ukrepi primarne sanacije, če njihova izvedba ne omogoča obnovitve posebnih delov okolja oziroma njihovih funkcij v referenčno stanje.

Namen dopolnilne sanacije je vzpostaviti podobno stanje posebnih delov okolja oziroma njihovih funkcij, kakršno bi bilo na voljo, če bi se na območju okoljske škode poškodovani posebni deli okolja oziroma njihove funkcije obnovile v referenčno stanje. Ukrepi dopolnilne sanacije se lahko izvajajo na območju okoljske škode oziroma na nadomestnem območju, ki naj bi bilo, če je le mogoče, geografsko povezano z območjem okoljske škode.

Kompenzacijska sanacija
Uredba o vrstah ukrepov za sanacijo okoljske škode poleg primarnih in dopolnilnih sanacijskih ukrepov določa tudi t. i. kompenzacijske ukrepe. Ukrepi kompenzacijske sanacije se odredijo in izvajajo zaradi nadomeščanja začasnih izgub, da se z njimi zagotovi podobno stanje posebnih delov okolja oziroma njihovih funkcij, kot je zaradi okoljske škode izgubljeno stanje posebnih delov okolja oziroma njihovih funkcij, dokler ne začno učinkovati ukrepi primarne oziroma dopolnilne sanacije. Kompenzacijska sanacija je torej vsak ukrep za nadomestitev začasnih izgub posebnih delov okolja oziroma njihovih funkcij, ki se izvede od dne nastanka okoljske škode do takrat, ko primarna sanacija doseže svoj polni učinek. Pri tem je treba poudariti, da ukrepi kompenzacijske sanacije ne vključujejo finančnih nadomestil javnosti.

Izbira najustreznejših sanacijskih ukrepov
Poleg vrst sanacijskih ukrepov Uredba o vrstah ukrepov za sanacijo okoljske škode določa tudi kriterije za ocenjevanje in izbiro najustreznejših sanacijskih ukrepov. Skladno z uredbo je treba pri izbiri najustreznejših sanacijskih ukrepov ocenjevati le razumne predloge izvedb sanacijskih ukrepov, izvedba vsakega sanacijskega ukrepa pa mora temeljiti na uporabi najboljših razpoložljivih postopkov in delovnih sredstev.

Merila, ki jih je treba pri izbiri najustreznejših sanacijskih ukrepov upoštevati, so:

• vpliv na zdravje in varstvo ljudi,
• stroški izvedbe,
• verjetnost uspeha sanacije okoljske škode,
• stopnja preprečevanja okoljske škode v prihodnje in stopnja možnega izogibanja nenamerni spremljevalni škodi pri izvedbi sanacijskega ukrepa,
• koristi posebnemu delu okolja oziroma njegovim funkcijam,
• vključevanje socialnih, gospodarskih in kulturnih ter drugih pomembnih dejavnikov, ki so značilni za območje okoljske škode,
• čas, ki bo potreben za učinkovito sanacijo okoljske škode,
• verjetnost, da se območje okoljske škode obnovi v referenčno stanje,

geografska povezava z območjem, ki je utrpelo okoljsko škodo.